Todos os cursos elaborados pelo Instituto Bixiga são pautados em uma ampla pesquisa histórica, documental e bibliográfica. Também desenvolvemos pesquisas conveniadas com o Centro de Estudos de História Latino-Americana (CEHAL), Núcleo de Estudos de História Social da Cidade (NEHSC) e Núcleo de Estudos de História: Trabalho, Ideologia e Poder (Nehtipo), todos ligados ao Programa de Estudos Pós-Graduados em História Social da PUC-SP.